Материалы к занятию 2

Методические указания

1. 
   Откройте FAR manager и настройте окно FAR:
   

Перетащите мышкой иконку FAR на рабочий стол и откройте FAR, щелкнув по этой иконке.

1. 
   подберите удобный вам размер окна;
   
2. 
   выберите шрифт;
   

Курсор переместите на верхнюю – синюю – полоску окна FAR, щелкните правой кнопкой мыши.

В появившемся меню выберите ”Properties” =>” Layout” – для изменения размера окна (следите, чтобы ” Window Size” был равен “Buffer size”, иначе будет неудобно работать); ”Font” – для изменения шрифта.

3. 
   настройте левую панель на диск Р, директория y08\Term1\Practices\Pr_2, а правую — на диск H;
   

Читайте инструкцию по FAR

4. 
   настройте способ отображения информации о файлах в панели следующим образом:
   
   1. 
      видны имя файла, расширение, объем файла, дата и время создания (“Full mode”);
      

2. 
   сортировка – по дате создания файла;
   

3. 
   имена файлов и директорий отображаются и строчными, и прописными буквами
   

Перейдите в меню FAR: (или щелкнуть мышкой между правым верхнил углом левой панели и левым верхним – правой) => “Options” => “File panel modes” => “Full mode” и там поставьте/уберите крестики по смыслу.

5. измените относительный размер окна левой панели чтобы прочитать полностью имена всех файлов в директории Р:\y08\Term1\Practices\Pr_2;

стрелки>

6. 
   сохраните настройки FAR.
   

Перейдите в меню FAR => “Options” => “Save setup”

2. 
   Создайте дерево директорий для практикумов и зачетных задание на (сетевом) диске H:
   
   \Pr_1
   \Practices \Pr_2
   H:\Term_1 \Pr_3
   \Credits
   
   
   
3. 
   Создайте клавиши быстрого перехода:
   <�правый CTRL + 1> - переход в свою директорию H:\y08\Term1\Practices;
   

Установите в активной панели нужное окно; <�левый CTRL + Shift + 1> определяет нужную команду перехода. Обязательно проверьте, что получилось!

<�правый CTRL + 3> - переход в директорию P:\y08\Term1\Practices\;

4. 
   Создайте файл Protocol.txt в директории Pr_2 для ведения протокола занятия
   

Читайте инструкцию по FAR

5. 
   Найдите информацию о вашем белке в геноме Escherichia coli, штамм K-12. Внесите в протокол имя его гена, на какой цепочке ДНК он расположен – прямой или обратной (комплементарной), число аминокислотных остатков в белке и название белка и/или его функцию (на англ.). Сохраните файл с протоколом.
   

Файл с геномом E.coli заархивирован. Чтобы посмотреть его содержание нажмите на имя файла (или щелкните мышкой) и далее – редактирование . Поиск по слову и копирование – читайте инструкцию по FAR.

Редактирование , а не просмотр , следует использовать для того, чтобы иметь возможность копирования.


Начало информации о гене и белке начинается со строки со словом CDS (от «CoDing Sequence»). Пример:

FT CDS complement(60358..63264)
Здесь написано, что ген занимает участок ДНК от 60358 пары нуклеотидов (п.н.) до 63264 п.н. включительно, и расположен на обратной («complement») цепочке ДНК.

Для вычисления числа аминокислотных остатков белка рекомендуется использовать python. Наберите слово python в командной строке – чёрная полоска под панелями FAR за знаком ”>”. <Enter>. За символами “>>>” можно писать любые арифметические выражения. После они вычисляются. Например, так:


63264-60358+1

Печатается ответ: 2907. Или так:


a = 63264-60358+1

print a

Печатается ответ: 2907


a%3
Печатается ответ: 0 (“%” – операция вычисления остатка от деления одного числа на другое)


a/3-1

Печатается ответ: 968

Выход из python: <CTRL + D>

6. 
   Определите hex-коды пробела, русских букв «т» и «с», латинской буквы «c», конца строки в каждой из кодировок DOS, Win и KOI8-R.
   

Используя FAR cоздайте временный файл с любым именем, например, ttt; откройте его в редакторе. Устанавливаете кодировку (<F8> или <Shift + F8>) — набираете текст — переходите в просмотрщик (), смотрите hex-коды (<F4>). Результат оформите в протоколе в виде таблицы из 3х колонок:
Кодировка Символ hex-код

7. 
   Создайте копию файла с протоколом в формате редактора Word с именем Protocol.doc
   

Создайте файл Protocol.doc средствами FAR. Скопируйте в него содержимое файла Protocol.txt. Проверьте, что установлена кодировка Win и, если нет, переведите в нее: выделить все ; убрать выделенное в карман ; изменить кодировку ; вставить все из кармана - в этот момент FAR перекодирует текст; сохраните и выйдите . Откройте файл Protocol.doc щелкнув по имени в панели FAR. По ассоциации, файл откроется редактором Word. Посмотрите текст и поправьте форматирование и, желательно, шрифт: установите шрифт «Times New Roman». Сохраните как документ Word. Закройте документ и просмотрите просмотрщиком <F3>: как выглядит документ в формате Word при посимвольном просмотре? Похож ли на исходный файл Protocol.doc? Ответ внесите в протокол Protocol.doc.

8. 
   (*) Создайте таблицу названий и обозначений аминокислот в файле aa_names.doc в формате Word.
   Таблицу оформите как таблицу средствами Word (вставить таблицу). Таблица должна содержать 6 колонок: номер по порядку; однобуквенное обозначение; трехбуквенное обозначение; английское название; русское название; комментарии. Аминокислоты расположите в алфавитном порядке однобуквенных обозначений. Ячейки с комментариями заполните потом – когда будете чтото знать про разные аминокислоты. Данные для таблицы см. ниже
   

Таблица названий и обозначений аминокислот

A Ala Alanine Аланин

R Arg Arginine Аргинин

N Asn Asparagine Аспарагин

D Asp Aspartic Acid Аспарагиновая кислота

V Val Valine Валин

H His Histidine Гистидин

G Gly Glycine Глицин

Q Gln Glutamine Глутамин

E Glu Glutamic Acid Глутаминовая кислота

I Ile Isoleucine Изолейцин

L Leu Leucine Лейцин

K Lys Lysine Лизин

M Met Methionine Метионин

P Pro Proline Пролин

S Ser Serine Серин

Y Tyr Tyrosine Тирозин

T Thr Threonine Треонин

W Trp Tryptophan Триптофан

F Phe Phenylalanine Фенилаланин

C Cys Cysteine Цистеин